非醫(yī)保用藥保險公司是否應該賠付是要看具體情況的，如果保險公司可以證明受害人的非醫(yī)保用藥是屬于不合理不必要的開支，那么這種情況下保險公司是不會進行賠付的。而如果沒有直接證據(jù)能夠證明非醫(yī)保用藥不合理，那么這種情況一般是需要進行賠付的。

所謂的非醫(yī)保用藥，簡單來說，就是受害人在接受醫(yī)院治療的時候，使用了沒有被列入醫(yī)保用藥目錄的這些藥品，而醫(yī)保是不會對這些藥品進行報銷的。在交通事故里面比較常見的一些非醫(yī)保用藥，就是使用了進口的一些醫(yī)療器械用品。

大多數(shù)保險公司在簽訂保險合同的時候，都是會明確標注，保險人會按照國家的基本醫(yī)療保險的標準的核定交通事故中的醫(yī)療費用的賠償金額。不過在商業(yè)的三者險里面有附加的保外醫(yī)療費用責任險的情況下，保險公司是會對其進行賠付的。

另外需要注意的是，如果保險公司在銷售商業(yè)保險的過程中，并沒有提及關(guān)于非醫(yī)保用藥不報銷的條例或者是所提及的文字或言論，容易產(chǎn)生誤解的情況下，讓車主認為非醫(yī)保用藥可以賠付。那么這種情況一旦出現(xiàn)交通事故，保險公司不賠付，投保人是可以向人民法院提起訴訟的。不過這種情況提起訴訟會比較麻煩，而且很可能還需要支付訴訟費用。